牛奶是许多人的饮食主食，碳水化合物提供，完整的蛋白质和营养成分，其他食物往往缺乏，如B族维生素和钙这样的主机。巴氏灭菌是原料乳加热到一定温度以杀死微生物，真菌和有助于变质的其他试剂的处理。受热可能会略有降低牛奶的营养价值。
不同的处理方式
超巴氏杀菌和巴氏杀菌奶都热牛奶，以杀灭病菌可能窝藏，但他们的牛奶加热到不同的温度和不同的时间量。在巴氏灭菌的标准，制造商加热牛奶到最小的161华氏度至少15秒。超巴氏灭菌加热牛奶到至少280华氏度为至少两秒。超巴氏杀菌用的酷热使得如果仍然未开封并妥善保存牛奶仍然是消费的长达六个月的安全。
蛋白质变性
确实与超巴氏杀菌奶出现的一个问题是，牛奶中的乳清蛋白变性。注册营养师玛格丽特·麦克威廉斯解释说，超巴氏杀菌休息使用的多余的热量一些蛋白质的结构债券，从而使其伸长。这可能会影响蛋白质的溶解性和它如何表现在你的身体。2008年的研究发表在“营养学杂志”显示，人类利用来自餐后巴氏杀菌或微过滤牛奶比超巴氏杀菌奶更蛋白。然而，血清尿素氮水平是耗时超巴氏杀菌奶，其研究人员得出结论可能是蛋白质变性的结果后更高。
养分流失
在经过巴氏消毒的牛奶中，给原料奶加热会造成轻微的营养流失。明尼苏达大学报告说，巴氏杀菌奶在加热过程中损失了3%到4%的硫胺，不到5%的维生素E和不到10%的生物素。杰西·格雷戈里三世(Jesse Gregory III)在1982年证明，通过巴氏灭菌使牛奶的乳清蛋白变性会降低你的身体吸收牛奶中的维生素B12的能力。超巴氏灭菌法可能会进一步降解这些营养物质，尽管牛奶保质期的延长往往会抵消额外的营养成本。
消毒
美国食品和药物管理局报告说，原料奶可能带有危险细菌如沙门氏菌，大肠杆菌和李斯特菌，所有这些都可能造成显著的风险对你的健康。巴氏杀菌杀死这些有害菌，但它可能会留下其他非致病细菌仍然可能导致牛奶变质。超巴氏杀菌有效杀灭牛奶中的所有细菌。这些细菌的去除可能改变牛奶的味道。