爱尔兰综合医学中心(ICIM)解释说，肠道生态失调是消化道中有害微生物生长或正常无害微生物过度生长的一种疾病。一些医疗从业者认为，这是一种常见的但经常未被认识的慢性健康障碍的原因。食用大量精制碳水化合物会导致正常生物体的过度生长，比如白色念珠菌，而过量摄入脂肪和肉类再加上低纤维的消耗会增加有害生物体的生长。并不是所有的从业人员都同意避免哪些食物，但一些基本原则是非常相似的。
甜味剂
ICIM解释说，在生态失调的饮食中减少糖的摄入，因为糖会抑制免疫功能，而且许多有害生物会因糖而繁殖。糖的种类包括甘蔗糖、蜂蜜、枫糖浆、糖蜜、糖浆、玉米糖浆、葡萄糖、果糖、葡萄糖、麦芽糖、山梨醇和蔗糖。针灸师沃伦·金也建议不要食用人工甜味剂，比如阿斯巴甜。
乳制品
致力于自闭症谱系障碍治疗的Secrenase组织提倡特殊的碳水化合物饮食来解决生态失调。这个食谱禁止所有的牛奶和牛奶替代品，任何含有乳糖的奶酪和奶酪酱。商业酸奶也是不允许的。沃伦·金建议避免食用所有这些食物以及乳清、黄油、酸奶油和冰激凌。
酵母，真菌，霉菌和发酵食品
据整骨医生和自然疗法专家哈拉尔德·盖耶说，在进行生态失调饮食时，你不应该吃酵母、类似酵母的物质、真菌或发酵或可能有霉菌的食物。这些食物包括蘑菇和其他种类的真菌，干果，麦芽制品，醋，以及可能含有醋的泡菜和调味品。根据Gaier的说法，发酵饮料是不允许出现在营养不良饮食中的。这包括所有的酒精饮料和不含酒精的啤酒，苹果酒和葡萄酒，以及姜汁啤酒和姜汁啤酒。
谷物
ICIM解释说，将谷物从饮食中剔除，因为它们会分解成糖，消化道中不友好的生物体会使这些食物发酵。包括任何含有小麦、大麦、荞麦、玉米、燕麦、大米、大豆和谷物制成的面粉的食物。
水果
营养不良饮食限制了大多数水果。盖耶建议避免食用香蕉、柑橘类水果、葡萄和生长在落叶树上的水果，如苹果、樱桃、梨和李子。新鲜的热带水果通常是允许的，浆果也是，除了草莓和黑醋栗。凡有霉烂的果子，你们不可吃。Secrenase建议只喝用榨汁机制作的新鲜果汁。
肉
卫生保健从业者对营养不良饮食中的肉类有不同的看法。Secrenase建议不要食用加工过的肉类，比如香肠和腊肠，King建议避免食用猪肉和大多数鱼类，ICIM说要尽量减少肉类摄入，Gaier允许吃肉。你可能需要尝试在一开始不吃肉，然后在饮食中加入少量的肉，看看它是如何影响你的状况的。