芹菜含有一种叫做补骨脂素的毒素，有潜在的致癌作用，还有一种甲状腺激素，有潜在的抗甲状腺作用。芹菜也是农药含量最高的蔬菜之一，除非它是有机种植的，而且容易感染霉菌毒素。然而，种植、选择、准备和食用芹菜的方法可以将相关的健康风险降到最低。
补骨脂素
芹菜中含有一种名为补骨脂素的天然毒素，它会使皮肤对紫外线辐射的有害影响变得更加敏感，这种情况被称为植物性皮炎。因此，它们被认为是光致癌的。根据David H. Watson在他的《食物中的天然毒物》一书中所述，烹饪，尤其是煮沸，可以分解芹菜中的补骨脂，但不会完全破坏它们。植物性皮炎的影响包括皮疹、变色、水泡和晒伤。
Goitrogens
甲状腺肿也被称为硫代葡萄糖苷，它是一种由糖和硫组成的化合物，对甲状腺有负面影响，即抑制其碘的摄入。根据FDA有毒植物数据库中引用的一份题为“植物食品中天然毒素的营养意义”的报告，芹菜等蔬菜中的甲状腺肿估计占全世界甲状腺肿发病率的4%。
农药
根据非盈利性公共卫生组织环境工作小组(Environmental Working group) 2010年发布的一份报告，无机芹菜在农药含量最高的“十二种果蔬”中名列榜首，每份含有64种农药。由于芹菜没有吸收有害农药的保护层，消费者在食用芹菜时更容易吸收农药。食品中残留农药对人体健康的慢性影响仍是一个值得研究的课题。食物中的杀虫剂与某些免疫功能障碍和癌症有关。更多的证据表明，食品杀虫剂与儿童的神经和发育问题有关，包括多动症。
硝酸盐
芹菜的硝酸盐含量很高，当接触到食物和胃肠道中含有的某些微生物时，可能会变成潜在的有毒亚硝酸盐。如果剂量足够大，亚硝酸盐会导致高铁血红蛋白血症或血红蛋白的携氧能力丧失，甚至死亡。然而，仅有证据表明高硝酸盐蔬菜来源与婴儿亚硝酸盐中毒有关。
真菌毒素
芹菜很容易感染霉菌毒素，包括黄曲霉毒素或黑霉。黄曲霉毒素是已知的致癌物。食用霉菌毒素对健康的其他潜在影响包括腹痛、呕吐、水肿、抽搐、肝损伤、智力障碍以及消化、吸收和代谢食物方面的问题。
提示
芹菜上的补骨脂来源于一种被称为粉红腐病的褐色真菌。只吃没有棕色斑点的芹菜，以避免吸收补骨脂。避免食用无机芹菜中的农药，只购买有机芹菜或从你信任的当地种植者。芹菜没有皮，几乎不可能洗掉任何农药。即使是在环境工作组的研究中发现的含有如此多农药的芹菜，在测试前也被美国农业部强力清洗过。