抗生素是破坏细菌的药物。为了治疗细菌感染，抗生素在杀死细菌方面非常有效，它们经常会杀死结肠中的健康细菌和有害细菌。益生菌是含有健康细菌的发酵食品或膳食补充剂，是最佳结肠生态所必需的。益生菌对儿童和成人都是有益的，特别是在抗生素治疗期间或之后。
儿童益生菌
益生菌对成人的消化系统总是有帮助的，其中充满了许多不同种类的细菌。儿童肠道的不同之处在于没有那么多种类的细菌。在7岁之前，儿童只携带少量的肠道细菌。根据Danielle Perrault在她的书《营养症候学》中所说，7到12岁是肠道发育成熟并充满更多菌株培养的时期。在儿童肠道内自然含有所有菌株之前给他们注射益生菌是安全的，因为这些特定菌株不会在结肠中繁殖，并与其他饮食废物一起传递。存在于儿童系统中的细菌培养物将会从摄入的益生菌中获得并重新繁殖。
在服用抗生素的同时服用益生菌
当抗生素治疗正在进行时，最重要的时间之一是服用益生菌。由于抗生素会杀死所有细菌，在使用抗生素期间结肠生态可能会受到影响。当同时服用益生菌和抗生素时，最好是在一天中的不同时间服用，这样益生菌就有时间在大肠中占据一席之地，避免下一剂量的抗菌药物进入肠道。根据佩罗特的说法，消化益生菌食物通常需要3到4个小时，所以在食用益生菌和使用抗生素之间要等很长时间。
服用抗生素后服用益生菌
益生菌也可以在抗生素治疗后服用，以补充失去的有益细菌。Perrault说，虽然在使用抗生素的同时服用益生菌可以帮助保持一些细菌在这段时间内存在于结肠中，但使用抗生素后补充益生菌是肠道最有益的时间。好的细菌可以在结肠内重新繁殖并稳定结肠，使情况恢复正常。益生菌补充剂或益生菌食品可以每天服用。
益生菌的来源
益生菌可以在发酵食品中找到，比如一种乳制品克非尔。每一汤匙克非尔含有大约50亿个有益细菌，足以补充一天的营养。经常食用克非尔是保持结肠健康的好方法。其他含有益生菌的食物包括酸奶、味噌和豆豉。另外，益生菌也可以作为补充剂购买，像药丸一样每天服用。儿童的益生菌补充剂可能只含有通常在儿童肠道中活跃的菌株。营养学家或自然疗法医生可以根据儿童的年龄和健康状况建议适当的剂量。