补充氨基酸通常被认为是安全的，但是要注意精氨酸和蛋氨酸的潜在副作用。还要注意，支链氨基酸可能会破坏神经递质的平衡。不要忘记氨基酸的安全最大剂量还没有确定，所以如果你对适合你的情况的剂量有任何疑问，可以向你的医疗服务人员咨询。
均衡的氨基酸
你的身体需要足够的所有必需氨基酸，但数量并不是唯一重要的因素。你还需要平衡每种氨基酸的比例，以确保你的身体可以产生蛋白质，保持你的新陈代谢运行。根据2004年6月《营养学杂志》的一篇评论，当实验动物摄入的氨基酸比例与它们通过均衡饮食获得的氨基酸比例不同时，就会出现副作用。据Drugs.com报道，研究没有显示氨基酸补充剂会导致严重的副作用，但它们可能会与处方药相互作用。
精氨酸的副作用
精氨酸可以帮助排出体内的有毒氨，增强免疫系统，但它最出名的可能是它能够刺激生长激素和一氧化氮的产生。一氧化氮有很多重要的作用，从降低血压到充当大脑中的神经递质。然而，有些人服用精氨酸后会出现腹胀、腹痛、腹泻和痛风。它可能会严重改变肝肾疾病患者血液中的钾水平。它还能降低血压，如果你的血压已经很低，那么这可能是危险的，MedlinePlus报道。如果你最近心脏病发作或有糖尿病、溃疡、过敏、哮喘或疱疹，在服用精氨酸之前请咨询你的医生。
蛋氨酸和血管
除了制造蛋白质外，蛋氨酸还被用来制造另一种氨基酸，同型半胱氨酸。服用蛋氨酸补充剂可能会提高同型半胱氨酸的水平，这可能是一个健康问题，因为高同型半胱氨酸会导致血管疾病。如果你服用蛋氨酸补充剂，一定要摄入足够的叶酸、维生素B-6和维生素B-12，它们对减少血液中同型半胱氨酸的含量至关重要。Eskenazi Health建议，孕妇不要服用蛋氨酸补充剂，也不要长时间高剂量服用，除非在医生的监督下。
支链氨基酸
2008年9月发表在《运动医学与身体健康杂志》(Journal of Sports Medicine and Physical Fitness)上的一篇报告称，运动前后服用支链氨基酸——亮氨酸、异亮氨酸和缬氨酸——可以促进肌肉蛋白的合成。支链氨基酸(BCAAs)也会与色氨酸、酪氨酸等其他氨基酸争夺进入大脑的通道。由于这些氨基酸使用相同的转运体进入你的大脑，在你的血液中发现的最大浓度的氨基酸比其他氨基酸有更好的机会通过。补充剂中过量的bcaa可能会减少输送到大脑的色氨酸和酪氨酸的数量，从而导致它们产生的神经递质水平降低，包括促进情绪的血清素。