当一大批病人彼此住得很近时，就很难防止感染的传播，任何医院都是这样。纽约康奈尔大学医学中心(Cornell University Medical Center)胃肠病学专家马克·班尼特·波查平(Mark Bennett Pochapin)博士说，一种名为艰难梭菌(Clostridium difficile)的细菌比任何其他病原体更容易导致医院获得性感染。作为解决这一问题的低风险方法，益生菌目前受到了极大的关注。
乳酸杆菌GG.
据Pochapin说，在美国，几乎所有的假膜性结肠炎都与艰难梭菌有关，并且多达五分之一的由抗生素使用引起的腹泻病例。一种名为乳酸杆菌GG的益生菌制剂可能有助于根除艰难梭菌感染。益生菌是一种活的微生物，摄入后对健康有益。乳酸菌GG，一种细菌，被发现能有效减少艰难梭菌感染的复发，并缓解伴随这种感染的腹部绞痛和腹泻的症状。波查平解释说，乳酸菌GG的作用被认为是由于它有能力重新在肠道中定居友好的菌群，这些菌群可能在抗生素治疗期间被大量杀死。他的研究题为“益生菌对艰难梭菌腹泻的影响”，发表在2000年8月的《美国胃肠病学杂志》上。
酿酒Boulardii
布拉氏酵母是一种酵母，而不是一种细菌，但它也被吹捧为对抗艰难梭菌感染的有效益生菌剂。布拉氏酵母有时也被称为面包酵母，华盛顿退伍军人管理局普吉特健康保健系统的林恩·v·麦克法兰博士对它进行了研究。McFarland关于益生菌预防抗生素相关性腹泻和治疗艰难梭菌疾病的meta分析发表在2006年4月的《美国胃肠病学杂志》上。她发现鼠李糖乳杆菌GG和布拉酵母菌都减少了由于抗生素引起的腹泻病例，但布拉酵母菌是唯一有效减少艰难梭菌疾病复发的益生菌。
注意事项
美国疾病控制与预防中心(Centers for Disease Control and Prevention)指出，美国食品和药物管理局(Food and Drug Administration)将布拉氏酵母菌(Saccharomyces boullardii)等益生菌作为膳食补充剂来监管，而不是作为治疗疾病的药物。使用益生菌治疗住院患者感染的热情必须通过对免疫系统已经受损患者的任何潜在风险的谨慎检查来减弱。