根据疾病控制和预防中心的数据，美国的饮用水是世界上最安全的。但是世界卫生组织报告说，世界上有20%的人口没有安全的饮用水，每年有500多万人死于受污染的饮用水引发的疾病，这些污染的饮用水通常来自于开放的溪流、河流和小溪。耐寒的鞭毛虫和其他致病细菌，通常称为大肠菌群，可以在体外存活数月，从动物或人类传播水媒疾病。一些常见的罪魁祸首会导致从轻度消化不良到腹泻、脱水和死亡的症状。并非所有的细菌都是有害的。有些是食物消化所需要的。但是过多的细菌或错误的细菌会导致疾病。以下是一些有问题的问题:
兰伯氏贾第虫
蓝氏贾第鞭毛虫是一种常见的引起胃肠道疾病的寄生虫。这种微小的寄生虫也被称为肠Giardia，通过人类和动物的粪便传播。如果被带入小溪或其他未经过滤的水源，下游的摄入会传播一种引起腹泻的疾病，即贾第氏病。它也被称为“海狸热”，因为生活在水里或靠近水的野生动物可能是这种疾病的主要携带者，根据纽约州环境保护部门。健康的成年人一般不会受到持久的伤害。
隐孢子虫
隐孢子虫是一种在肠道中钻洞的微生物，通过水中的粪便污染传播给其他生物。根据梅奥诊所的说法，隐孢子虫感染后，大多数健康人会出现水样腹泻，一两周后就会消失。然而，免疫系统受损会使隐孢子虫感染危及生命。
大肠杆菌
大肠杆菌(Escherichia coli)生活在人和动物的肠道中。它们通常无害或引起短暂腹泻。一些菌株，如大肠杆菌O157:H7，会引起严重的带血腹泻和腹部绞痛，并伴有器官损伤，包括肾衰竭。大肠杆菌通过受污染的水或食物传播，如生蔬菜和未煮熟的绞碎牛肉。虽然健康的成年人可以承受一次感染，但儿童和老年人可能会经历致命的肾衰竭，即溶血性尿毒症综合征(HUS)。
霍乱
霍乱(霍乱弧菌)是一种携带在受污染的水中的细菌，它能产生一种剧毒，叫做CTX。它会附着在肠壁上，干扰钠和氯的流动。梅奥诊所说，这导致身体分泌大量的水，导致腹泻和脱水。
伤寒
伤寒沙门氏菌是一种携带在受污染的水和食物中的细菌，可以引起伤寒。有些被感染的人会长期携带这种细菌，并在一生中继续通过粪便排出携带疾病的物质。威斯康辛州卫生部报告说，每年全世界有1250万人感染这种疾病。