蛋白质分子是由氨基酸亚单位组成的。在人体蛋白质中发现了20种不同的氨基酸。其中9种是必需氨基酸，这意味着它们必须从食物中提取，其余11种是非必需氨基酸，因为如果有必要，身体可以制造它们。根据“高级健身评估和锻炼处方”，一个健康的人，谁保持良好的均衡饮食不需要氨基酸补充;摄入大量的氨基酸会造成严重的健康风险。
体重增加
氨基酸被输送到肝脏后的命运，在很大程度上取决于机体当时的需求。推荐的蛋白质摄取量是每天每磅体重0.8克。任何未在短时间内使用的氨基酸都不能储存以备将来使用，而是会转化为葡萄糖以能量的形式燃烧或转化为脂肪或糖原以备储存。由于美国人的平均饮食超过每日所需的蛋白质，不必要的氨基酸补充会导致体重增加。
危险为运动员
根据《高级健身评估和运动处方》，耐力运动员每天每磅体重需要1.2 - 1.4克蛋白质;力量训练运动员需要1.6 - 1.8克。这些要求很容易通过饮食来满足。补充氨基酸会增加运动员脱水的风险，因为需要额外的水分来清除体内蛋白质代谢的副产品。此外，补充氨基酸会使运动员难以摄入足够的碳水化合物，以确保在肌肉中储存足够的糖原。
氨基酸失衡
服用单一氨基酸补充剂会导致失衡，可能会干扰食物中氨基酸的正常吸收。某些氨基酸群在竞争载体，以便通过肠壁进入血液。当一种氨基酸补充剂被摄入时，它会使运输载体大量吸收这种特定的氨基酸，这可能导致其他氨基酸不能被适当的吸收。
肾脏功能
加工过量的蛋白质会使受损的肝脏和肾脏负担过重。患有肾脏或肝脏疾病的人经常被要求限制蛋白质的饮食。根据《全面营养:你需要的唯一指南》，终生食用高蛋白食物可能会导致肾功能轻微下降，而这种情况通常会随着年龄增长而发生。然而，这一联系仍在调查中。
骨质疏松症
添加纯化的蛋白质补充剂和已去除磷酸盐的氨基酸混合物可能会增加肾脏的钙排泄。发表在《美国临床营养学杂志》上的一项研究发现，过量的蛋白质摄入是钙流失的一个重要风险因素。长时间摄入过量的蛋白质会降低钙的吸收，导致骨吸收，导致骨质疏松症。